O Ensino Médio tem como meta formar cidadãos críticos e atuantes na sociedade em que estão inseridos, além de preparar o aluno para enfrentar com segurança o Enem - Exame Nacional do Ensino Médio e os exames vestibulares mais concorridos e desafiadores do país. O objetivo desse seguimento é guiar os alunos em uma sequência de exercícios teóricos e práticos que os levarão a conhecer e aprender uma forma autônoma e individual sobre sua vocação e identidade, bem como a construir um plano para atingir seus sonhos e objetivos futuros. Para isso a escola oferece disciplinas baseadas em metodologias ativas, criadas e desenvolvidas por professores especializados e humanizados com as necessidades dos alunados. ​Através de percursos integrados ao currículo a Escola Santa Clara garante ao jovem a experiência e segurança importantes no desenvolvimento das habilidades e aptidões fundamentais para o estudante do século XXI.

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É importante destacar que o Ensino Médio da escola Santa Clara já está respeitando as alterações do novo Ensino Médio, alterações estas que estão configuradas na lei nº 13.415/2017 dispostas na LDB (Lei das Diretrizes e Bases da Educação). De acordo com o novo texto este seguimento escolar passa a ter carga horária 1400 horas, que antes era 800 horas anuais onde está sendo ampliada de forma progressivamente. 

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A coordenação pedagógica deste seguimento já se articulou e desenvolveu a organização dos itinerários formativos, conjunto de disciplinas que os alunos poderão estudar e eles estão divididos da seguinte forma: linguagens e suas tecnologias, matemática e suas tecnologias, ciências da natureza e suas tecnologias, ciências humanas e sociais aplicadas a formação técnica e profissional. A ideia da coordenação é fortalecer o protagonismo dos jovens ajuda-los a desenvolver suas habilidades por meio do aprofundamento dos conteúdos que eles tem mais afinidade além de prepará-los para o mercado de trabalho. Além destes, temos também o trabalho desenvolvido pelo Projeto de Vida que nada mais é do que espaços de diálogos, desenvolvidos e facilitados pela psicóloga escolar, Laryssa Kelley. A Escola Santa Clara também prioriza o desenvolvimento das disciplinas de Educação Física, Sociologia, Artes, Filosofia, Inglês e Espanhol (conteúdo extra),  como incluídas na LDB e promovidas de acordo com as orientações do MEC. Desta maneira, a instituição busca avançar na superação e transformação do indivíduo para a promoção de uma futura mudança social. 

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